Фарли Макгилл Моуэт родился 12 мая 1921 года в Бельвиле, Онтарио, Канада. Его отец, Ангус Моуэт, принимал участие в битве при Вими, после войны стал библиотекарем и писал литературные произведения. Во время Великой депрессии семья переехала в Саскатун. В Саскатуне Фарли содержал у себя дома гремучую змею, белку, двух сов, флоридского аллигатора и несколько котов. В 1935 году он совершил своё первое путешествие в Арктику со своим родственником Франком.
Во время Второй мировой войны Фарли Моуэт принимал участие в военных действиях в Европе в составе американской армии, участвовал в высадке союзных войск в Сицилии, воевал в Западной Европе и на Эльбе в 1945 году встречался с советскими солдатами.
После войны Моуэт окончил биологическое отделение университета города Торонто. Затем он поступил на работу в Службу изучения животного мира Канады. Эта организация командировала его (не позднее 1959 года) в канадскую тундру для изучения волков. Та экспедиция, давшая весьма неожиданные и удивительные для того времени результаты, описывается Моуэтом в книге «Не кричи: „Волки!“».
В 1981 году стал офицером ордена Канады. Его именем назван один из кораблей природоохранной организации Общество охраны морской фауны.
Фарли Макгилл Моуэт скончался 6 мая 2014 года в своём доме в Порт-Хоупе.