При рождении Бабель получил имя, несколько отличающееся от известного: Исаак Маньевич Бобель. Будущий писатель появился на свет в Одессе 12 июля 1894 года в семье коммерсанта.
Окончил Одесское коммерческое училище, где овладел несколькими европейскими языками (свои первые рассказы Бабель писал по-французски).
В 1911—1916 гг. учился на экономическом отделении коммерческого института в Киеве и параллельно поступил на четвёртый курс юридического факультета Петроградского психоневрологического института. В Петрограде будущий писатель познакомился с М. Горьким. «Я всем обязан этой встрече», — писал он позднее. В журнале «Летопись» (1916 г.) Горький опубликовал два бабелевских рассказа, которые были благожелательно встречены критикой.
Публицистические статьи и репортёрские заметки Бабеля, появлявшиеся в прессе в 1918 г., свидетельствуют о его неприятии жестокости и насилия, порождённых революцией. Весной 1920 г. с журналистским удостоверением на имя Кирилла Васильевича Лютова он отправился в Первую конную армию С. М. Будённого, вместе с ней прошёл по Украине и Галиции.
После перенесённого тифа в ноябре 1920 г. Бабель вернулся в Одессу, а затем жил в Москве. В журналах и газетах регулярно печатались его новеллы, составившие впоследствии два знаменитых цикла — «Конармия» (1926 г.) и «Одесские рассказы» (1931 г.).
«Конармия», в которой парадоксально соединились романтическая патетика и грубый натурализм, «низкие» темы и изысканность стиля, — одно из самых бесстрашных и правдивых произведений о революции и Гражданской войне. Характерная для прозы этого времени «заворожённость» автора происходящими на его глазах эпохальными событиями совмещается с трезвой и жёсткой их оценкой. «Конармия», переведённая вскоре на многие языки, принесла автору широкую известность — в середине 20-х гг. XX в. Бабель стал одним из самых читаемых советских писателей и в СССР, и за рубежом.
20—30-е годы были в жизни Бабеля периодом постоянных разъездов. Он много путешествовал по стране, часто выезжал в Европу, куда эмигрировала его семья. Неспособный к конформизму в творчестве, писатель всё хуже «вписывался» в советскую действительность.
Путь крупных деятелей СССР от триумфа до опалы в конце 1930-х годов часто был короток. В середине 1938 года Бабеля назначили членом редакционного совета Государственного издательства художественной литературы, а 15 мая 1939 г. его арестовали. Подвергнутый серии допросов, он «сознался» в том, что готовил террористические акты, являлся шпионом французской и австрийской разведки.
26 января 1940 года Военная коллегия Верховного Суда СССР приговорила писателя к высшей мере наказания. Приговор привели в исполнение на следующий день. 27 января 1940 года Исаак Эммануилович Бабель был расстрелян, захоронен в Общей могиле №1 Донского кладбища г. Москвы.
В 1954 году Исаак Бабель посмертно реабилитирован. При активном содействии Константина Паустовского, хорошо знавшего Бабеля и оставившего о нём тёплые воспоминания, после 1956 года Бабель был возвращён в советскую литературу.